La serie è il sequel della serie anime Bakugan - Battle Brawlers. Dopo qualche anno, Nuova Vestroia viene invasa dai Vestali. Molti Bakugan diventano prigionieri dei malvagi Vexos, i migliori combattenti del pianeta Vestal, comandati dal principe Hydron.
Per liberare Nuova Vestroia e salvare i Bakugan, Dan, Shun e Marucho si uniscono alla Resistenza dei Combattenti Bakugan, un gruppo di Vestali ribellatisi al loro Principe.
